Thomas et son amie Rose sont plongés dans la lecture de leur bande dessinée préférée à la bibliothèque. Soudain, une fumée violette envahit le bâtiment. Quelques secondes plus tard, tous les livres tombent en poussière. C'est la panique ! Thomas, alias Super lecture boy, est décidé à résoudre ce mystère. Il commence par suivre ce chien bizarre qui attend devant la bibliothèque.

La maîtresse a été enlevé en hélicoptère. Thomas et Rose se sont accrochés à l'appareil. Le méchant Ongl a inventé une machine à désapprendre à lire et il veut l'expérimenter sur la maîtresse et les enfants. Mais lorsque Thomas passe dans la machine, rien ne se passe comme attendu. Il est doté de nouveaux pouvoirs !