Amu Hinamori, une jeune fille cool, mais en fait plutôt réservée et peu sûre d'elle, rêve d'intégrer les Gardiens, un groupe de son école chargé de la protection des élèves. Pour cela, il faudrait un oeuf contenant un Shugo Chara, la personnalité rêvée de celui ou celle qui le possède. Or Amu en découvre trois dans sa chambre, ce qui la rend très spéciale...

Amu découvre que son rôle consiste à guetter les oeufs X et à les neutraliser afin que leur propriétaire puisse retrouver ses rêves.

Amu doit trouver un moyen de récupérer ses Charas dérobés par le professeur Nikaidô. Les Gardiens la soutiennent dans son combat.

Après la naissance d'un quatrième oeuf, Amu se retrouve seule et doute de ses compétences de joker.

Le 4e oeuf d'Amu a éclos. Mais Dia, le chara qui en est sorti, a quitté Amu pour rejoindre Utau. La jeune fille souhaite récupérer Dia et met tout en oeuvre pour y parvenir.

Rima est mal dans sa peau, cloîtrée par ses parents depuis une tentative ratée d'enlèvement. Ils la surveillent sans relâche. Elle a perdu le goût de rire et de faire rire. Kusu Kusu est là et veille avec l'aide d'Amu.

Nadeshiko reprend sa véritable personnalité, celle de Nagihiko. Tadase et Kûdai sont au courant de son secret mais pas Amu. Nadeshiko se demande s'il doit révéler qui il est à Amu.

Le chef d'Easter a ensorcelé Ikuto pour mieux le manipuler et mettre la main sur l'embryon. Les gardiens interviennent pour contrarier les plans d'Easter.

Les gardiens ont engagé la bataille finale contre Easter en essayant de récupérer Ikuto, passé sous son contrôle malgré lui. Ils se voient obligés de grimper en haut d'une tour piégée pour le libérer. Ils vont croiser sur leur chemin une bête maléfique et un chara X géant afin de se lancer à la poursuite du directeur Hoshina dans un mystérieux ascenseur.

L'embryon est tombé aux mains d'Easter. Les gardiens délèguent Amu, Tadase et Ikuto pour le récupérer. Ils entrent donc dans la place forte d'Easter pour approcher le fameux Gozen et lui reprendre l'oeuf magique. Mais l'oeuf magique retrouvé s'avère ne pas être le véritable embryon, mais Easter en a terminé avec cette quête devenue inutile.

Ikuto est parti à l'étranger. Amu est entraînée sur la route des étoiles à la recherche de ses Chara qui, Dia mise à part, ont tous disparu. Avec ses amis, elle apprend peu à peu pourquoi les Chara se volatilisent lorsqu'un enfant grandit.

Utau se sent abandonnée depuis qu'Ikuto est parti à l'étranger. Kûkai tente d'y remédier et leur amitié ambiguë laisse place à un sentiment plus profond. De son côté, Rima se sent également seule et c'est Nagihiko qui tente de la consoler. Dernier volume de la série.